Zdravotnícka služba plní tieto hlavné úlohy:

• podieľa sa na zdravotníckej starostlivosti a zdravotníckom zabezpečení plnenia úloh 2.mb,
• organizuje a podieľa sa na vykonávaní zdravotníckej prípravy vojsk,
• podieľa sa odbornej príprave príslušníkov 2.mb, týkajúcej sa zásad poskytovania prvej pomoci, vrátane praktických úkonov a oboznamuje ich s aktuálnymi zmenami a  novými právnymi normami v oblasti zdravotníckeho zabezpečenia,
• v spolupráci s VÚHE Bratislava organizuje preventívne a protiepidemiologické opatrenia u podriadených práporov a jednotiek 2.mb,
• v spolupráci s ÚHL Ružomberok a zdravotníckou službou nadriadeného veliteľstva sa podieľa na realizácii sústavného vzdelávania príslušníkov zdravotníckej služby 2.mb,
• spolupracuje s ÚHL Ružomberok na plnení úloh zdravotníckej prípravy vojakov, vysielaných do vojenských operácií mimo územia SR,
• podieľa sa na spracovaní a posudzovaní predpisov, služobných pomôcok a  metodických pokynov v oblasti zdravotníckeho zabezpečenia,
• spracováva a vyhodnocuje rozbory starostlivosti o zdravie v rámci 2.mb,
• spolupracuje s orgánmi štátnej správy, samosprávy a ostatnými organizáciami v oblasti starostlivosti o zdravie a pri riešení krízových situácií,
• vykonáva kontrolnú činnosť obväzísk práporov a jednotiek 2.mb, navrhuje následné opatrenia.